MirGeneDB ID | Ami-Mir-192-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-192 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGACCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-192-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-192-P1 Bta-Mir-192-P1 Cfa-Mir-192-P1 Cli-Mir-192-P1 Cmi-Mir-192-P1 Cpi-Mir-192-P1 Cpo-Mir-192-P1 Dno-Mir-192-P1 Ebu-Mir-192-o1 Ete-Mir-192-P1 Gga-Mir-192-P1 Gja-Mir-192-P1 Hsa-Mir-192-P1 Lch-Mir-192-P1 Mdo-Mir-192-P1 Mml-Mir-192-P1 Mmu-Mir-192-P1 Mun-Mir-192-P1 Oan-Mir-192-P1 Oan-Mir-192-P1-as Ocu-Mir-192-P1 Pbv-Mir-192-P1 Pma-Mir-192-o1 Rno-Mir-192-P1 Spt-Mir-192-P1 Sto-Mir-192-P1 Tgu-Mir-192-P1 Xla-Mir-192-P1a Xla-Mir-192-P1b Xtr-Mir-192-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017708560.1: 13838078-13838138 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-192-P1) |
Mir-194-P1
NW_017708560.1: 13837764-13837819 [+]
UCSC
Mir-192-P1 NW_017708560.1: 13838078-13838138 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUACAUUAAUGAGAACUGUUGUGCAGGAAAAUGACCUAUGAAUUGACAGACUGUGUAUUCUAAGCUUGUCUGUCAUUUCUGUAGGCCAAUAUUCUGCACACCUUCACUGCUCUGAUUCCAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUACAUUAAUGAGAACUGU-- AAA A -| U UGUGUAU UGUGCAGGA UG CCUAU GAA UGACAGAC U ACACGUCUU AC GGAUG CUU ACUGUCUG C AACCUUAGUCUCGUCACUUCC AUA C U^ U UUCGAAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-192-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038240 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUGACCUAUGAAUUGACAGACU -22
Get sequence
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Star sequence | Ami-Mir-192-P1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038241 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UCUGUCAUUUCUGUAGGCCAAUA -61
Get sequence
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