MirGeneDB ID | Ami-Mir-194-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-194-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-194-P1 Bta-Mir-194-P1 Cfa-Mir-194-P1 Cli-Mir-194-P1 Cmi-Mir-194-P1 Cpi-Mir-194-P1 Ebu-Mir-194-o1 Ete-Mir-194-P1 Gga-Mir-194-P1 Gja-Mir-194-P1 Hsa-Mir-194-P1 Lch-Mir-194-P1 Mml-Mir-194-P1 Mmu-Mir-194-P1 Mun-Mir-194-P1 Oan-Mir-194-P1 Ocu-Mir-194-P1 Pbv-Mir-194-P1 Pma-Mir-194-o1 Rno-Mir-194-P1 Spt-Mir-194-P1 Sto-Mir-194-P1 Tgu-Mir-194-P1 Xla-Mir-194-P1a Xla-Mir-194-P1b Xtr-Mir-194-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017708560.1: 13837764-13837819 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P1) |
Mir-194-P1
NW_017708560.1: 13837764-13837819 [+]
UCSC
Mir-192-P1 NW_017708560.1: 13838078-13838138 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGUUCAAGACUGACCAGCAGUACUUUCAAAUGUAACAGCAACUCCAUGUGGACUACGCUGACUUCCAGUGGAGAUGCUGUUACUUUUGACAGCCACUCACAGACAUGGAGCAGCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGUUCAAGACUGACCAGC- A-| U U A G CUACG AGU CU UCAAA GUAACAGCA CUCCAU UGGA \ UCA GA AGUUU CAUUGUCGU GAGGUG ACCU C GUCGACGAGGUACAGACAC CC^ C U A - UCAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-194-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGAC -23
Get sequence
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Star sequence | Ami-Mir-194-P1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038213 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- CCAGUGGAGAUGCUGUUACUUU -56
Get sequence
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