| MirGeneDB ID | Bta-Mir-489-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GACAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bta-mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bta-Mir-489-v1 Bta-Mir-489-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-489-v2 Ami-Mir-489-v2 Cfa-Mir-489 Cja-Mir-489 Cli-Mir-489-v2 Cpi-Mir-489-v2 Dno-Mir-489 Dre-Mir-489-v2 Eca-Mir-489 Gga-Mir-489-v2 Gja-Mir-489 Gmo-Mir-489-v2 Hsa-Mir-489-v2 Laf-Mir-489 Lch-Mir-489 Loc-Mir-489-v2 Mal-Mir-489-v2 Mml-Mir-489-v2 Mmr-Mir-489 Mmu-Mir-489 Mun-Mir-489 Ocu-Mir-489 Pab-Mir-489 Pbv-Mir-489 Rno-Mir-489 Sha-Mir-489 Spt-Mir-489 Tgu-Mir-489-v2 Tni-Mir-489-v2 Xtr-Mir-489-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037331.1: 10822878-10822939 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-489-v2) |
Mir-653
NC_037331.1: 10822218-10822278 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-489-v2 NC_037331.1: 10822878-10822939 [-] UCSC Ensembl Mir-489-v1 NC_037331.1: 10822879-10822938 [-] UCSC Ensembl Mir-489-v3 NC_037331.1: 10822879-10822938 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGCGGACUACAGCUGUCAGUGGCAGCUUGGUGGUCGUAUGUGUGGCGCCAUCUACUGGAACGUUUAGGAGUGACAUCACAUAUAUGGCGACUAAACUGCUGCAUAGGACAACAAUUAACAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGCGGACUACAGCUGUCA-- UG C G ---| CA UACUGGA G GCAG UUGGU GUCGUAUGUGUGG CGC UC \ C CGUC AAUCA CGGUAUAUACACU GUG AG A GGACAAUUAACAACAGGAUA GU A G ACA^ -- GAUUUGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bta-Mir-489-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUCGUAUGUGUGGCGCCAUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bta-Mir-489-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009942 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGACAUCACAUAUAUGGCGACU -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-489 |
