MirGeneDB ID | Cfa-Mir-194-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-194-P1 Ami-Mir-194-P1 Bta-Mir-194-P1 Cli-Mir-194-P1 Cmi-Mir-194-P1 Cpi-Mir-194-P1 Ebu-Mir-194-o1 Ete-Mir-194-P1 Gga-Mir-194-P1 Gja-Mir-194-P1 Hsa-Mir-194-P1 Lch-Mir-194-P1 Mml-Mir-194-P1 Mmu-Mir-194-P1 Mun-Mir-194-P1 Oan-Mir-194-P1 Ocu-Mir-194-P1 Pbv-Mir-194-P1 Pma-Mir-194-o1 Rno-Mir-194-P1 Spt-Mir-194-P1 Sto-Mir-194-P1 Tgu-Mir-194-P1 Xla-Mir-194-P1a Xla-Mir-194-P1b Xtr-Mir-194-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr38: 14895401-14895458 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P1) |
Mir-192-P1
chr38: 14895116-14895175 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-194-P1 chr38: 14895401-14895458 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUCUGGUUUGCUUAAUGGGAGUCAUCAAGUGUAACAGCAACUCCAUGUGGAUUGUGUGCCAAUUUCCAGUGGAGAUGCUGUUACUUUUGAUGGUUACCAACUCACUACAAUAGAAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCUCUGGUUUGCUUAAU--| G GU U A G UUGUGU GG A CAUCAAG GUAACAGCA CUCCAU UGGA \ CC U GUAGUUU CAUUGUCGU GAGGUG ACCU G GAAAGAUAACAUCACUCAA^ A UG U A - UUAACC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-194-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0006681 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGA -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-194 miRDB: MIMAT0006681 |
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Star sequence | Cfa-Mir-194-P1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CCAGUGGAGAUGCUGUUACUUU -58
Get sequence
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