MirGeneDB 2.1

MirGeneDB ID

Cgi-Mir-137

Family name MIR-137 (all species)
Seed UAUUGCU
Species Pacific oyster (Crassostrea gigas)
MiRBase ID
Paralogues
Orthologues Aae-Mir-137-P11  Aae-Mir-137-P12  Aca-Mir-137-P1-v1  Aca-Mir-137-P1-v2  Aca-Mir-137-P3-v1  Aca-Mir-137-P3-v2  Ami-Mir-137-P1-v1  Ami-Mir-137-P1-v2  Ami-Mir-137-P3-v1  Ami-Mir-137-P3-v2  Asu-Mir-137  Bfl-Mir-137  Bge-Mir-137-P13-v1  Bge-Mir-137-P13-v2  Bge-Mir-137-P14-v1  Bge-Mir-137-P14-v2  Bla-Mir-137-P15a  Bla-Mir-137-P15b  Bla-Mir-137-P15c  Bta-Mir-137-P1-v1  Bta-Mir-137-P1-v2  Cbr-Mir-137  Cel-Mir-137  Cfa-Mir-137-P1-v1  Cfa-Mir-137-P1-v2  Cli-Mir-137-P1-v1  Cli-Mir-137-P1-v2  Cli-Mir-137-P3  Cmi-Mir-137-P1  Cpi-Mir-137-P1-v1  Cpi-Mir-137-P1-v2  Cpi-Mir-137-P3-v1  Cpi-Mir-137-P3-v2  Csc-Mir-137-P21  Csc-Mir-137-P22  Cte-Mir-137  Dan-Mir-137  Dma-Mir-137  Dme-Mir-137  Dmo-Mir-137  Dno-Mir-137-P1-v1  Dno-Mir-137-P1-v2  Dpu-Mir-137  Dre-Mir-137-P1a-v1  Dre-Mir-137-P1a-v2  Dre-Mir-137-P1b-v1  Dre-Mir-137-P1b-v2  Dsi-Mir-137  Dya-Mir-137  Ebu-Mir-137  Efe-Mir-137-P4  Efe-Mir-137-P5  Efe-Mir-137-P6  Efe-Mir-137-P7  Efe-Mir-137-P8  Efe-Mir-137-P9  Efe-Mir-137-P10  Esc-Mir-137  Ete-Mir-137-P1-v1  Ete-Mir-137-P1-v2  Gga-Mir-137-P1-v1  Gga-Mir-137-P1-v2  Gga-Mir-137-P3-v1  Gga-Mir-137-P3-v2  Gja-Mir-137-P1-v1  Gja-Mir-137-P1-v2  Gja-Mir-137-P3  Gmo-Mir-137-P1b-v1  Gmo-Mir-137-P1b-v2  Gmo-Mir-137-P3a-v1  Gmo-Mir-137-P3a-v2  Gmo-Mir-137-P3b-v1  Gmo-Mir-137-P3b-v2  Hme-Mir-137  Hsa-Mir-137-P1-v1  Hsa-Mir-137-P1-v2  Isc-Mir-137  Lan-Mir-137  Lch-Mir-137-P1  Lch-Mir-137-P3  Lgi-Mir-137  Loc-Mir-137-P1-v1  Loc-Mir-137-P1-v2  Loc-Mir-137-P3-v1  Loc-Mir-137-P3-v2  Lpo-Mir-137-P16  Lpo-Mir-137-P17  Lpo-Mir-137-P18  Lpo-Mir-137-P19  Lpo-Mir-137-P20  Mal-Mir-137-P1b-v1  Mal-Mir-137-P1b-v2  Mal-Mir-137-P3a-v1  Mal-Mir-137-P3a-v2  Mal-Mir-137-P3b-v1  Mal-Mir-137-P3b-v2  Mdo-Mir-137-P1-v1  Mdo-Mir-137-P1-v2  Mdo-Mir-137-P3-v1  Mdo-Mir-137-P3-v2  Mml-Mir-137-P1-v1  Mml-Mir-137-P1-v2  Mmu-Mir-137-P1-v1  Mmu-Mir-137-P1-v2  Mun-Mir-137-P1  Mun-Mir-137-P3  Oan-Mir-137-P1-v1  Oan-Mir-137-P1-v2  Oan-Mir-137-P3-v1  Oan-Mir-137-P3-v2  Obi-Mir-137  Ocu-Mir-137-P1-v1  Ocu-Mir-137-P1-v2  Ovu-Mir-137-v1  Ovu-Mir-137-v2  Pbv-Mir-137-P1-v1  Pbv-Mir-137-P1-v2  Pbv-Mir-137-P3-v1  Pbv-Mir-137-P3-v2  Pfl-Mir-137-v1  Pfl-Mir-137-v2  Pma-Mir-137-o1  Pma-Mir-137-o2  Pma-Mir-137-o3  Pmi-Mir-137-v1  Pmi-Mir-137-v2  Rno-Mir-137-P1-v1  Rno-Mir-137-P1-v2  Sha-Mir-137-P1-v1  Sha-Mir-137-P1-v2  Sha-Mir-137-P3  Sko-Mir-137  Spt-Mir-137-P1  Spu-Mir-137  Sto-Mir-137-P1  Tca-Mir-137-v1  Tca-Mir-137-v2  Tgu-Mir-137-P1-v1  Tgu-Mir-137-P1-v2  Tni-Mir-137-P3b  Xbo-Mir-137  Xla-Mir-137-P1  Xtr-Mir-137-P1 
Node of Origin (locus) Bilateria
Node of Origin (family) Bilateria
Genome context
(CGI_GCA_000297895.1)
scaffold72: 265491-265544 [+] Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
AGUCCAGCCACCCAGAGCCGAGCUACUGGCGAGUAUUCUUGGGUAAAUAUCACUUUAAAGCUGUUAUUGCUUGAGAAUACACGUAAAUAUUUCGGCAAGACCAGCUUUGACAGU
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50       
AGUCCAGCCACCCAGAG--|    C  CUG   A       UG     A  U  CUUU 
                   CCGAG UA   GCG GUAUUCU  GGUAA UA CA    \
                   GGCUU AU   UGC CAUAAGA  UCGUU AU GU    A
UGACAGUUUCGACCAGAAC^    U  AAA   A       GU     -  U  CGAA 
  110       100        90        80        70         60
Deep sequencing
Go to detailed chart
CommentThe Drosha cut appears to be moved +2 relative to the other lophotrochozoans.
3' NTU No
MotifsCNNC at 3p(+17)
Tissue expression
 +
A- D- D- Eg F- Gi He Ju L- Ma Ma Pe Re Sp Um Ea Fe Ha La Ma
Star sequence

Cgi-Mir-137_5p*

mirBase accessionNone
Sequence
0- GAGUAUUCUUGGGUAAAUAUCA -22
Get sequence
Mature sequence

Cgi-Mir-137_3p

mirBase accessionNone
Sequence
33- UUAUUGCUUGAGAAUACACGU -54
Get sequence