MirGeneDB ID | Cli-Mir-192-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-192 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGACCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-mir-215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-192-P1 Ami-Mir-192-P1 Bta-Mir-192-P1 Cfa-Mir-192-P1 Cmi-Mir-192-P1 Cpi-Mir-192-P1 Cpo-Mir-192-P1 Dno-Mir-192-P1 Ebu-Mir-192-o1 Ete-Mir-192-P1 Gga-Mir-192-P1 Gja-Mir-192-P1 Hsa-Mir-192-P1 Lch-Mir-192-P1 Mdo-Mir-192-P1 Mml-Mir-192-P1 Mmu-Mir-192-P1 Mun-Mir-192-P1 Oan-Mir-192-P1 Oan-Mir-192-P1-as Ocu-Mir-192-P1 Pbv-Mir-192-P1 Pma-Mir-192-o1 Rno-Mir-192-P1 Spt-Mir-192-P1 Sto-Mir-192-P1 Tgu-Mir-192-P1 Xla-Mir-192-P1a Xla-Mir-192-P1b Xtr-Mir-192-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold54: 1524407-1524465 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-192-P1) |
Mir-192-P1
scaffold54: 1524407-1524465 [-]
Mir-194-P1 scaffold54: 1524720-1524775 [-] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAGGCUUAAUAAGAACUGGUGUCCAGGAAAAUGACCUAUGAAUUGACAGACUGCUUUCUAAACUUGCCUGUCAUUUCUAUAGGCCAAUAUUCUGCACACUUUCACUACUCUAGUUACAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAGGCUUAAUAAGAACU-- C AAA A -| U ACUGCUUU GGUGU CAGGA UG CCUAU GAA UGACAG C UCACA GUCUU AC GGAUA CUU ACUGUC U GACAUUGAUCUCAUCACUU C AUA C U^ U CGUUCAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cli-Mir-192-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUGACCUAUGAAUUGACAGACU -22
Get sequence
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Star sequence | Cli-Mir-192-P1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038595 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CCUGUCAUUUCUAUAGGCCAAUA -59
Get sequence
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