MirGeneDB ID | Cpo-Mir-506-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACUGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-509a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-506-o2 Cpo-Mir-506-o3 Cpo-Mir-506-o4 Cpo-Mir-506-o5 Cpo-Mir-506-o6 Cpo-Mir-506-o7a Cpo-Mir-506-o7b Cpo-Mir-506-o7c Cpo-Mir-506-o8 Cpo-Mir-506-P1 Cpo-Mir-506-P2a Cpo-Mir-506-P2b Cpo-Mir-506-P2c Cpo-Mir-506-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-506-P1 Cfa-Mir-506-P1 Dno-Mir-506-P1 Hsa-Mir-506-P1 Mml-Mir-506-P1 Mmu-Mir-506-P1 Ocu-Mir-506-P1 Rno-Mir-506-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. porcellus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_84: 2739521-2739577 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-o1) |
Mir-506-P1
scaffold_84: 2699627-2699683 [+]
UCSC
Mir-506-o8 scaffold_84: 2702886-2702945 [+] UCSC Mir-506-o4 scaffold_84: 2715444-2715500 [+] UCSC Mir-506-o6 scaffold_84: 2722022-2722078 [+] UCSC Mir-506-o5 scaffold_84: 2725364-2725420 [+] UCSC Mir-506-o1 scaffold_84: 2739521-2739577 [+] UCSC Mir-506-o2 scaffold_84: 2748262-2748318 [+] UCSC Mir-506-o3 scaffold_84: 2752734-2752794 [+] UCSC Mir-506-P2a scaffold_84: 2762224-2762281 [+] UCSC Mir-506-P2b scaffold_84: 2763265-2763322 [+] UCSC Mir-506-P2c scaffold_84: 2771646-2771702 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUAGCCUUCAUUGUGCUGUGUGUGAUGCCCUUCUUCAGAGAGUUUUAGUCGUUUGUAAUUAAGUAUGACUGAAGCAUCUGAGGGAGAGUAAUGCAUGCCAUGUACAACGUAUGACUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUAGCCUUCAUUGUGCU--| A C GA UUGUA GUGUGUG UGC CUUCUUCAGA GUUUUAGUCGU A CGUACGU AUG GAGGGAGUCU CGAAGUCAGUA U GUCAGUAUGCAACAUGUAC^ A A A- UGAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpo-Mir-506-o1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0047321 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUCUUCAGAGAGUUUUAGUCGUU -23
Get sequence
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Mature sequence | Cpo-Mir-506-o1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047322 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGACUGAAGCAUCUGAGGGAGA -57
Get sequence
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