| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-506-o4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAUUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-509d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-506-o1 Cpo-Mir-506-o2 Cpo-Mir-506-o3 Cpo-Mir-506-o5 Cpo-Mir-506-o6 Cpo-Mir-506-o7a Cpo-Mir-506-o7b Cpo-Mir-506-o7c Cpo-Mir-506-o8 Cpo-Mir-506-P1 Cpo-Mir-506-P2a Cpo-Mir-506-P2b Cpo-Mir-506-P2c Cpo-Mir-506-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Hsa-Mir-506-P4a1 Hsa-Mir-506-P4a2 Hsa-Mir-506-P4b Mml-Mir-506-P4d Mml-Mir-506-P4e Mml-Mir-506-P4f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. porcellus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_84: 2715444-2715500 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-o4) |
Mir-506-P1
scaffold_84: 2699627-2699683 [+]
UCSC
Mir-506-o8 scaffold_84: 2702886-2702945 [+] UCSC Mir-506-o4 scaffold_84: 2715444-2715500 [+] UCSC Mir-506-o6 scaffold_84: 2722022-2722078 [+] UCSC Mir-506-o5 scaffold_84: 2725364-2725420 [+] UCSC Mir-506-o1 scaffold_84: 2739521-2739577 [+] UCSC Mir-506-o2 scaffold_84: 2748262-2748318 [+] UCSC Mir-506-o3 scaffold_84: 2752734-2752794 [+] UCSC Mir-506-P2a scaffold_84: 2762224-2762281 [+] UCSC Mir-506-P2b scaffold_84: 2763265-2763322 [+] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUAUGCUCCAGUCUACUUUGUGCAGUGCUCUCCUUCAGAAAGAUGCAAUCAUUUAUGUUUGAAUAUGAUUGCAUCCUCUGAGGGAGAGCAAGACAUAACAUGUACAACAUAUGAAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUAUGCUCCAGUCUACU--| CAG AA UUAUG UUGUG UGCUCUCCUUCAGA GAUGCAAUCAU U AAUAC ACGAGAGGGAGUCU CUACGUUAGUA U CUAAGUAUACAACAUGUAC^ AGA C- UAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-506-o4_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047327 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCUUCAGAAAGAUGCAAUCAUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-506-o4_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047328 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGAUUGCAUCCUCUGAGGGAGA -57
Get sequence
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