MirGeneDB ID | Cpo-Mir-506-o7b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCAAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-506-o1 Cpo-Mir-506-o2 Cpo-Mir-506-o3 Cpo-Mir-506-o4 Cpo-Mir-506-o5 Cpo-Mir-506-o6 Cpo-Mir-506-o7a Cpo-Mir-506-o7c Cpo-Mir-506-o8 Cpo-Mir-506-P1 Cpo-Mir-506-P2a Cpo-Mir-506-P2b Cpo-Mir-506-P2c Cpo-Mir-506-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-506-P7 Hsa-Mir-506-P7b Mmu-Mir-506-P7 Rno-Mir-506-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. porcellus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_84: 3932651-3932706 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-o7b) |
Mir-506-o7a
scaffold_84: 3931993-3932049 [+]
UCSC
Mir-506-o7c scaffold_84: 3933561-3933617 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGAGCACCUGCGCGCUGUGUGCUGUGCCUUACUCAGAGUAGCAUUGGUUACUUAGACUAUAGUCACCAAGACCUCUCUGAGUAGAGUAAAGCUCACUAUUUCCCUUGCUUUUAGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAGAGCACCUGCGCGCU--| U G C U CA- U UUAG GUG GCU UGC UUACUCAGAG AG UUGGU AC A CAC CGA AUG GAUGAGUCUC UC AACCA UG C UGAUUUUCGUUCCCUUUAU^ U A A - CAG C AUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpo-Mir-506-o7b_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACUCAGAGUAGCAUUGGUUAC -22
Get sequence
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Mature sequence | Cpo-Mir-506-o7b_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- CACCAAGACCUCUCUGAGUAGA -56
Get sequence
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