MirGeneDB ID | Cpo-Mir-95-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-95 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-545 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-95-P1 Cpo-Mir-95-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-95-P3-v1 Bta-Mir-95-P3-v2 Cfa-Mir-95-P3-v1 Cfa-Mir-95-P3-v2 Dno-Mir-95-P3-v1 Dno-Mir-95-P3-v2 Hsa-Mir-95-P3-v1 Hsa-Mir-95-P3-v2 Mml-Mir-95-P3-v1 Mml-Mir-95-P3-v2 Ocu-Mir-95-P3-v1 Ocu-Mir-95-P3-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_26: 22993124-22993186 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-95-P3) |
Mir-374-P1
scaffold_26: 22992971-22993022 [+]
UCSC
Mir-95-P3 scaffold_26: 22993124-22993186 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCUAGAGCUCAGCCUGGCACAUUAGUAGGCCACAGUACAUGUUUAUUGGAUGAAUAAAUGAAUGAGUCAUCAACAGACAUUUAUUGUGUGCUUGCUAAAGUGAUCUCCACAGGCCCUGGACUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCUAGAGCUCAGCCUGG-- A -| C AUUG AAUAAAU CAC UUAGUAGGC CACAGUA AUGUUU GAUG \ GUG AAUCGUUCG GUGUUAU UACAGA CUAC G UCAGGUCCCGGACACCUCUA A U^ U CAA- UGAGUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-95-P3_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047345 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCACAGUACAUGUUUAUUGGAUG -23
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-95-P3_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0047346 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UCAACAGACAUUUAUUGUGUGCU -63
Get sequence
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