| MirGeneDB ID | Dme-Mir-252-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-968 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dme-Mir-252-P1b Dme-Mir-252-P2-v1 Dme-Mir-252-P2-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-252-P1 Bfl-Mir-252-P1-v1 Bfl-Mir-252-P1-v2 Bge-Mir-252-P1 Bla-Mir-252-P1-v1 Bla-Mir-252-P1-v2 Cbr-Mir-252-P1 Cel-Mir-252-P1 Cgi-Mir-252-P1 Csc-Mir-252-P1 Cte-Mir-252-P1 Dan-Mir-252-P1a Dma-Mir-252-P1-v1 Dma-Mir-252-P1-v2 Dmo-Mir-252-P1a Dpu-Mir-252-P1 Dsi-Mir-252-P1a Dya-Mir-252-P1a Esc-Mir-252-P1 Hme-Mir-252-P1 Isc-Mir-252-P1 Lan-Mir-252-P1 Lgi-Mir-252-P1 Npo-Mir-252-P1 Obi-Mir-252-P1 Ovu-Mir-252-P1 Pfl-Mir-252-P1 Pmi-Mir-252-P1 Sko-Mir-252-P1 Spu-Mir-252-P1 Tca-Mir-252-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
2L: 13747761-13747824 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-252-P1a) |
Mir-252-P1b
2L: 13747621-13747683 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-252-P1a 2L: 13747761-13747824 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAAAGAAAAAUUGUUGAUGGAAGCUUCCUUAAGUAGUAUCCAUUAAAGGGUUGUUCUCAACAUGCAAAUCAACCUUUUGAUGUACUACUUUAAGAAUCUCCAGUUAAAGUCAACACAUAAGUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAAAGAAAAAUUGUUGA---| A C CUU UC UUCUCAA UGGA G UUC AAGUAGUA CAUUAAAGGGUUG C ACCU C AAG UUCAUCAU GUAGUUUUCCAAC A AUGAAUACACAACUGAAAUUG^ - U AAU -- UAAACGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dme-Mir-252-P1a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0005484 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGUAGUAUCCAUUAAAGGGUUG -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005484 TargetScanFly: dme-miR-968 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dme-Mir-252-P1a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020865 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- ACCUUUUGAUGUACUACUUUAA -64
Get sequence
|
