MirGeneDB ID | Dpu-Mir-29-P2h | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dpu-Mir-29-P2g | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-29-P2h Asu-Mir-29-P2 Bfl-Mir-29-P2 Bge-Mir-29-P2h Bla-Mir-29-P2 Cbr-Mir-29-P2 Cel-Mir-29-P2 Cgi-Mir-29-P2 Cin-Mir-29-P2 Csc-Mir-29-P2 Cte-Mir-29-P2 Dan-Mir-29-P2h Dma-Mir-29-P2h Dme-Mir-29-P2h Dmo-Mir-29-P2h Dsi-Mir-29-P2h Dya-Mir-29-P2h Esc-Mir-29-P2 Hme-Mir-29-P2h Isc-Mir-29-P2 Lgi-Mir-29-P2 Npo-Mir-29-P2 Obi-Mir-29-P2 Ovu-Mir-29-P2 Pfl-Mir-29-P2 Pmi-Mir-29-P2 Sko-Mir-29-P2 Spu-Mir-29-P2 Tca-Mir-29-P2h Xbo-Mir-29-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_32: 69280-69354 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P2h) |
Mir-965
DAPPUscaffold_32: 27782-27843 [-]
Ensembl
Mir-279-o2 DAPPUscaffold_32: 68663-68726 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUUUGUGUGUGUGUACACAGCCCCCCAGUGCUGAGUCUAGUGGAUGAUGUGCUAGACAUUUUAGCUUGAAUUCUUGGUUGCAUAGCACCACGGGAUUCAGCCGCUGGUGUGUCGUGGUUUUAUAUUUUAUUCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUUUGUGUGUGUGUAC-- A CCC -| A A A UAGACAUUUUAGC AC GC CCAGU GCUGAGUCU GUGG UG UGUGC \ UG UG GGUCG CGACUUAGG CACC AC AUACG U UACUUAUUUUAUAUUUUGG C UGU C^ G - G UUGGUUCUUAAGU 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dpu-Mir-29-P2h_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCUGAGUCUAGUGGAUGAUGUGC -23
Get sequence
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Mature sequence | Dpu-Mir-29-P2h_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
52- AUAGCACCACGGGAUUCAGCCGC -75
Get sequence
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