MirGeneDB ID | Gga-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-455 Ami-Mir-455 Bta-Mir-455 Cfa-Mir-455 Cli-Mir-455 Cmi-Mir-455 Cpi-Mir-455 Cpo-Mir-455 Dno-Mir-455 Dre-Mir-455-P1 Dre-Mir-455-P2 Ebu-Mir-455-v1 Ebu-Mir-455-v2 Ete-Mir-455 Gja-Mir-455 Gmo-Mir-455-P1 Gmo-Mir-455-P2 Hsa-Mir-455 Lch-Mir-455 Loc-Mir-455 Mal-Mir-455-P1 Mal-Mir-455-P2 Mdo-Mir-455 Mml-Mir-455 Mmu-Mir-455 Mun-Mir-455 Oan-Mir-455 Ocu-Mir-455 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Rno-Mir-455 Sha-Mir-455 Spt-Mir-455 Sto-Mir-455 Tgu-Mir-455 Tni-Mir-455-P1 Tni-Mir-455-P2 Xla-Mir-455-P3 Xla-Mir-455-P4 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
17: 5073863-5073920 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCGGAAUUCUCCUGAUCCCUGGUGUGAGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGUUUAUUUCAUCAUGGCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCGGAAUUCUCCUGAUC- -| U UG G U A C UGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C C GUCGGUACUACUUUAUUU A^ C GU A U C C ACGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There are mutliple Dicer cuts on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gga-Mir-455_5p |
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mirBase accession | MIMAT0003364 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUGUGCCCUUGGACUACAUCG -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-455-5p miRDB: MIMAT0003364 |
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Star sequence | Gga-Mir-455_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0006788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AUGCAGUCCAUGGGCAUAUACA -58
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-455-3p miRDB: MIMAT0006788 |