MirGeneDB ID | Hme-Mir-2-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | hme-mir-13a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Hme-Mir-2-P1-v1 Hme-Mir-2-P1-v2 Hme-Mir-2-P2d Hme-Mir-2-P3-v1 Hme-Mir-2-P3-v2 Hme-Mir-2-P4 Hme-Mir-2-P7 Hme-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-2-P2 Bge-Mir-2-P2 Dma-Mir-2-o2 Dma-Mir-2-P2 Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | H. melpomene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Hmel_1) |
HE671256: 344637-344695 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P2c) |
Mir-71
HE671256: 336024-336085 [+]
Ensembl
Mir-2-P1-v2 HE671256: 344481-344540 [+] Ensembl Mir-2-P1-v1 HE671256: 344483-344538 [+] Ensembl Mir-2-P2c HE671256: 344637-344695 [+] Ensembl Mir-2-P2d HE671256: 344775-344830 [+] Ensembl Mir-2-P3-v2 HE671256: 344897-344955 [+] Ensembl Mir-2-P3-v1 HE671256: 344898-344954 [+] Ensembl Mir-2-P4 HE671256: 345032-345089 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAAAAUAUUUGUAUGUUUUCGGGCCUAGCCUGUCAAAGAGGCGGUGAAAUGUCCUUUUCCCUUCAUAUCACAGCCACUUUGAUGUGGUCGGUUUACGGAGACCACUUAGCGUAUCGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCAAAAUAUUUGUAUGU- --| UA - A G A UCCUU UUUCG GGCC GCC UGUCAAAG GGC GUGA AUG U GAGGC UUGG UGG GUAGUUUC CCG CACU UAC U GAGCUAUGCGAUUCACCA AU^ C- U A A A UUCCC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Hme-Mir-2-P2c_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUGUCAAAGAGGCGGUGAAAUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Hme-Mir-2-P2c_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0024940 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UAUCACAGCCACUUUGAUGUGGU -59
Get sequence
|