| MirGeneDB ID | Hme-Mir-2-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | hme-mir-13b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hme-Mir-2-P1-v1 Hme-Mir-2-P1-v2 Hme-Mir-2-P2c Hme-Mir-2-P3-v1 Hme-Mir-2-P3-v2 Hme-Mir-2-P4 Hme-Mir-2-P7 Hme-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P2 Bge-Mir-2-P2 Dma-Mir-2-o2 Dma-Mir-2-P2 Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | H. melpomene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hmel_1) |
HE671256: 344775-344830 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P2d) |
Mir-71
HE671256: 336024-336085 [+]
Ensembl
Mir-2-P1-v2 HE671256: 344481-344540 [+] Ensembl Mir-2-P1-v1 HE671256: 344483-344538 [+] Ensembl Mir-2-P2c HE671256: 344637-344695 [+] Ensembl Mir-2-P2d HE671256: 344775-344830 [+] Ensembl Mir-2-P3-v2 HE671256: 344897-344955 [+] Ensembl Mir-2-P3-v1 HE671256: 344898-344954 [+] Ensembl Mir-2-P4 HE671256: 345032-345089 [+] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUAUAGGUAUUUGGAGAGUCUGUGGCCCAUUCGUAAAAAUGGCUGUGCCAUGGUACAUAUUCAUAUCACAGCCAUUUUUGACGAGUUGGGCUGCGGGGCAGUUCUCUGGCAUCUUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUAUAGGUAUUUGGAGAG- UG - -| CC GUAC UCUG GCCC AUUCG UAAAAAUGGCUGUG AUG \ GGGC CGGG UGAGC GUUUUUACCGACAC UAC A AUUCUACGGUCUCUUGACG GU U A^ UA UUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hme-Mir-2-P2d_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGUAAAAAUGGCUGUGCCAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Hme-Mir-2-P2d_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0024941 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
33- UAUCACAGCCAUUUUUGACGAGU -56
Get sequence
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