| MirGeneDB ID | Hme-Mir-9-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | hme-mir-9a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hme-Mir-9-o2 Hme-Mir-9-o3 Hme-Mir-9-o4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-9-P1 Ami-Mir-9-P1 Bfl-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Bta-Mir-9-P1 Cfa-Mir-9-P1 Cin-Mir-9 Cmi-Mir-9-P1 Cpi-Mir-9-P1 Cpo-Mir-9-P1 Cte-Mir-9 Dno-Mir-9-P1 Dre-Mir-9-P1a Dre-Mir-9-P1b Esc-Mir-9 Ete-Mir-9-P1 Gga-Mir-9-P1 Gja-Mir-9-P1 Gmo-Mir-9-P1a Gmo-Mir-9-P1b Hsa-Mir-9-P1 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lch-Mir-9-P1 Lgi-Mir-9 Loc-Mir-9-P1 Mal-Mir-9-P1a Mal-Mir-9-P1b Mdo-Mir-9-P1 Mml-Mir-9-P1 Mmu-Mir-9-P1 Mun-Mir-9-P1 Npo-Mir-9 Oan-Mir-9-P1 Obi-Mir-9 Ocu-Mir-9-P1 Ovu-Mir-9 Pbv-Mir-9-P1 Pma-Mir-9-o1 Pmi-Mir-9 Rno-Mir-9-P1 Sha-Mir-9-P1 Spt-Mir-9-P1 Spu-Mir-9 Sto-Mir-9-P1 Tgu-Mir-9-P1 Tni-Mir-9-P1a Tni-Mir-9-P1b Xbo-Mir-9 Xla-Mir-9-P1c Xla-Mir-9-P1d Xtr-Mir-9-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | H. melpomene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hmel_1) |
HE669612: 10319-10377 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-o1) |
Mir-9-o3
HE669612: 9693-9752 [-]
Ensembl
Mir-306 HE669612: 9837-9892 [-] Ensembl Mir-9-o1 HE669612: 10319-10377 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AACCGCACGCCGCGUCCGGCGCGGCUCGUCUCUUUGGUAUCCUAGCUGUAGGCGUGUCCUCGUACCCUAAAGUUAUGGUACCGAAGUUACGAGCCGUACCGCGCCUCCACCGAGCGCGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AACCGCACGCCGCGUCC--| CG CU C G CGUGUC GG CGGCUCGU CUUUGGUAUC UAGCU UAGG \ CC GCCGAGCA GAAGCCAUGG AUUGA AUCC C GGCGCGAGCCACCUCCGCG^ AU UU U A CAUGCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Hme-Mir-9-o1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0025003 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUAUCCUAGCUGUAGG -22
Get sequence
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| Star sequence | Hme-Mir-9-o1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0025003 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAAAGUUAUGGUACCGAAGUUA -59
Get sequence
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