| MirGeneDB ID | Lgi-Mir-1984 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1984 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCCCUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | lgi-mir-1984 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cgi-Mir-1984 Esc-Mir-1984 Npo-Mir-1984 Obi-Mir-1984-P1 Obi-Mir-1984-P2 Ovu-Mir-1984-P1 Ovu-Mir-1984-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Mollusca | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Mollusca | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_4: 4879135-4879195 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1984) |
Mir-1984
LOTGIsca_4: 4879135-4879195 [+]
Ensembl
Mir-1985 LOTGIsca_4: 4881330-4881387 [+] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGUAAUUGAAACUUAUGCCUACGAUGCCUUGCCCUAUCCGUCAGGAACUGUGAUAUAGUUAAUAGACACAGUGCCUAUCGGUAGGGAACAGUAUCGCAGAGCUCGUCAGCUGAGUCAGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGUAAUUGAAACUUAU- -| A CUUG U UC A AUAUAG GC CU CGAUGC CCCUA CCG AGG ACUGUG U CG GA GCUAUG GGGAU GGC UCC UGACAC U AGGACUGAGUCGACUGCU A^ C ACAA - UA G AGAUAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lgi-Mir-1984_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009726 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCCUAUCCGUCAGGAACUGUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Lgi-Mir-1984_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CAGUGCCUAUCGGUAGGGAACA -61
Get sequence
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