MirGeneDB ID | Lgi-Mir-2-o16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lgi-Mir-2-o14 Lgi-Mir-2-o15 Lgi-Mir-2-o17 Lgi-Mir-2-o18 Lgi-Mir-2-o19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. gigantea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_2: 4515158-4515216 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o16) |
Mir-71
LOTGIsca_2: 4515804-4515862 [-]
Ensembl
Mir-2-o14 LOTGIsca_2: 4520084-4520140 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAUCAUAUGCCUGGAUUCAGGAAGCUGUGCUGACCAAGUGGCUGUGAACGGGUUUAUGAUUAUUCCUAUCACAGCCUGCUUGGAUCAGCAUAGACCACUGCUUUUAUCAUCUUCCCUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAUCAUAUGCCUGGAUU-- GAAG - -| AC GUUUAU CAG CUGUGCUGA CCAAGU GGCUGUGA GG \ GUC GAUACGACU GGUUCG CCGACACU CC G CUUCCCUUCUACUAUUUUC ACCA A U^ AU UUAUUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Lgi-Mir-2-o16_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGACCAAGUGGCUGUGAACGG -21
Get sequence
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Mature sequence | Lgi-Mir-2-o16_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UAUCACAGCCUGCUUGGAUCAGC -59
Get sequence
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