| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-5626 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-5626 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCAGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-5626 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr9: 70405694-70405753 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACCCCAGGUGGCUGAGAGCAUGGCUUGGGAGCCCCAUCGAUUAACUGCUUCCUGUUCUCAUGACCCGGCAGCAGUUGAGUGAUGUGACACCUAAGAUGCUCCCCUGAUGACUCCGGGGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACCCCAGGUGGCUGAGA----| GG AGCCC A U UGUUCU GCAU CUUGGG CAUCG UUAACUGCU CC C CGUA GAAUCC GUAGU AGUUGACGA GG A CAGGGGCCUCAGUAGUCCCCU^ -- ACAGU G C CCCAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-5626_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0022381 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCCCCAUCGAUUAACUGCUUCC -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-5626-5p miRDB: MIMAT0022381 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-5626_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0022382 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGCAGUUGAGUGAUGUGACAC -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-5626-3p miRDB: MIMAT0022382 |
