MirGeneDB ID | Ocu-Mir-194-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-194-P1 Ami-Mir-194-P1 Bta-Mir-194-P1 Cfa-Mir-194-P1 Cli-Mir-194-P1 Cmi-Mir-194-P1 Cpi-Mir-194-P1 Ebu-Mir-194-o1 Ete-Mir-194-P1 Gga-Mir-194-P1 Gja-Mir-194-P1 Hsa-Mir-194-P1 Lch-Mir-194-P1 Mml-Mir-194-P1 Mmu-Mir-194-P1 Mun-Mir-194-P1 Oan-Mir-194-P1 Pbv-Mir-194-P1 Pma-Mir-194-o1 Rno-Mir-194-P1 Spt-Mir-194-P1 Sto-Mir-194-P1 Tgu-Mir-194-P1 Xla-Mir-194-P1a Xla-Mir-194-P1b Xtr-Mir-194-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chr16: 52957890-52957947 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P1) |
Mir-194-P1
chr16: 52957890-52957947 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-192-P1 chr16: 52958506-52958565 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUUUCAACUUGUUUAAUGGAGUUAUCAAGUGUAACAGCAACUCCAUGUGGACUAUGUACCAAUUUCCAGUGGAGAUGCUGUUACUUUUGAUGGUUACCAACUUGCUACAACAUAAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCUUUCAACUUGUUUAA- -| UU U A G CUAUGU UGG AG AUCAAG GUAACAGCA CUCCAU UGGA \ ACC UU UAGUUU CAUUGUCGU GAGGUG ACCU A AAAAUACAACAUCGUUCA A^ GG U A - UUAACC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ocu-Mir-194-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048307 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGAC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ocu-Mir-194-P1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048308 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CCAGUGGAGAUGCUGUUACUUU -58
Get sequence
|