MirGeneDB ID | Ocu-Mir-506-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCACAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-513 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-506-P1 Ocu-Mir-506-P2 Ocu-Mir-506-P3 Ocu-Mir-506-P5 Ocu-Mir-506-P7d Ocu-Mir-506-P7e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-506-P6 Cpo-Mir-506-o6 Cpo-Mir-506-P6 Ete-Mir-506-P6e Ete-Mir-506-P6f Hsa-Mir-506-P6a1 Hsa-Mir-506-P6a2 Hsa-Mir-506-P6b Hsa-Mir-506-P6c Mml-Mir-506-P6a Mml-Mir-506-P6b1 Mml-Mir-506-P6b2 Mml-Mir-506-P6c1 Mml-Mir-506-P6c2 Rno-Mir-506-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0002: 10678464-10678522 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P6) |
Mir-506-P6
chrUn0002: 10678464-10678522 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P7e chrUn0002: 10687771-10687828 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1 chrUn0002: 10694554-10694611 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P3 chrUn0002: 10705716-10705773 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2 chrUn0002: 10707176-10707233 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P7d chrUn0002: 10711587-10711644 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P5 chrUn0002: 10723771-10723827 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCACAUUCAGCUAUUCAGUGUGCAGUGCCUUUCACAAGAAGGUGUCAUUCAUGUGAACCAAAAAUAUGAAUGAUGCCUUUUUGAGAAAAGUAAUGUACAUCAUGAAAUGCAUAUGUGGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCACAUUCAGCUAUUCA--| G C A UGAAC GUGUGCA UGC UUUC CAAGAAGGUGUCAUUCAUG \ UACAUGU AUG AAAG GUUUUUCCGUAGUAAGUAU C CGGUGUAUACGUAAAGUAC^ A A A AAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ocu-Mir-506-P6_5p |
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mirBase accession | MIMAT0048513 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUCACAAGAAGGUGUCAUUCAUG -23
Get sequence
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Star sequence | Ocu-Mir-506-P6_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0048514 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UGAAUGAUGCCUUUUUGAGAAAA -59
Get sequence
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