MirGeneDB 2.1

MirGeneDB ID

Sha-Mir-142-P1-v4

Family name MIR-142 (all species)
Seed CCAUAAA
Species Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii)
MiRBase ID sha-mir-142
Paralogues Sha-Mir-142-P1-v1  Sha-Mir-142-P1-v2  Sha-Mir-142-P1-v3 
Orthologues Ami-Mir-142-P1-v1  Ami-Mir-142-P1-v2  Ami-Mir-142-P1-v3  Ami-Mir-142-P1-v4  Bta-Mir-142-P1-v1  Bta-Mir-142-P1-v2  Bta-Mir-142-P1-v3  Bta-Mir-142-P1-v4  Cfa-Mir-142-P1-v1  Cfa-Mir-142-P1-v2  Cfa-Mir-142-P1-v3  Cfa-Mir-142-P1-v4  Cli-Mir-142-P1-v1  Cli-Mir-142-P1-v2  Cli-Mir-142-P1-v3  Cli-Mir-142-P1-v4  Cmi-Mir-142-P1-v1  Cmi-Mir-142-P1-v2  Cmi-Mir-142-P1-v3  Cmi-Mir-142-P1-v4  Cpi-Mir-142-P1-v1  Cpi-Mir-142-P1-v2  Cpi-Mir-142-P1-v3  Cpi-Mir-142-P1-v4  Cpo-Mir-142-P1-v1  Cpo-Mir-142-P1-v2  Cpo-Mir-142-P1-v3  Cpo-Mir-142-P1-v4  Dno-Mir-142-P1-v1  Dno-Mir-142-P1-v2  Dno-Mir-142-P1-v3  Dno-Mir-142-P1-v4  Dre-Mir-142-P1-v1  Dre-Mir-142-P1-v2  Dre-Mir-142-P1-v3  Dre-Mir-142-P1-v4  Ete-Mir-142-P1-v1  Ete-Mir-142-P1-v2  Ete-Mir-142-P1-v3  Ete-Mir-142-P1-v4  Gga-Mir-142-P1-v1  Gga-Mir-142-P1-v2  Gga-Mir-142-P1-v3  Gga-Mir-142-P1-v4  Gmo-Mir-142-P1-v1  Gmo-Mir-142-P1-v2  Gmo-Mir-142-P1-v3  Gmo-Mir-142-P1-v4  Hsa-Mir-142-P1-v1  Hsa-Mir-142-P1-v2  Hsa-Mir-142-P1-v3  Hsa-Mir-142-P1-v4  Lch-Mir-142-P1  Loc-Mir-142-P1-v1  Loc-Mir-142-P1-v2  Loc-Mir-142-P1-v3  Loc-Mir-142-P1-v4  Mal-Mir-142-P1-v1  Mal-Mir-142-P1-v2  Mal-Mir-142-P1-v3  Mal-Mir-142-P1-v4  Mdo-Mir-142-P1-v1  Mdo-Mir-142-P1-v2  Mdo-Mir-142-P1-v3  Mdo-Mir-142-P1-v4  Mml-Mir-142-P1-v1  Mml-Mir-142-P1-v2  Mml-Mir-142-P1-v3  Mml-Mir-142-P1-v4  Mmu-Mir-142-P1-v1  Mmu-Mir-142-P1-v2  Mmu-Mir-142-P1-v3  Mmu-Mir-142-P1-v4  Oan-Mir-142-P1-v1  Oan-Mir-142-P1-v2  Oan-Mir-142-P1-v3  Oan-Mir-142-P1-v4  Ocu-Mir-142-P1-v1  Ocu-Mir-142-P1-v2  Ocu-Mir-142-P1-v3  Ocu-Mir-142-P1-v4  Rno-Mir-142-P1-v1  Rno-Mir-142-P1-v2  Rno-Mir-142-P1-v3  Rno-Mir-142-P1-v4  Spt-Mir-142-P1  Sto-Mir-142-P1-v1  Sto-Mir-142-P1-v2  Sto-Mir-142-P1-v3  Sto-Mir-142-P1-v4  Tgu-Mir-142-P1-v1  Tgu-Mir-142-P1-v2  Tgu-Mir-142-P1-v3  Tgu-Mir-142-P1-v4  Tni-Mir-142-P1-v1  Tni-Mir-142-P1-v2  Tni-Mir-142-P1-v3  Tni-Mir-142-P1-v4  Xla-Mir-142-P1a1-v1  Xla-Mir-142-P1a1-v2  Xla-Mir-142-P1a1-v3  Xla-Mir-142-P1a1-v4  Xla-Mir-142-P1a2-v1  Xla-Mir-142-P1a2-v2  Xla-Mir-142-P1a2-v3  Xla-Mir-142-P1a2-v4  Xla-Mir-142-P1b1-v1  Xla-Mir-142-P1b1-v2  Xla-Mir-142-P1b1-v3  Xla-Mir-142-P1b1-v4  Xla-Mir-142-P1b2-v1  Xla-Mir-142-P1b2-v2  Xla-Mir-142-P1b2-v3  Xla-Mir-142-P1b2-v4  Xtr-Mir-142-P1a-v1  Xtr-Mir-142-P1a-v2  Xtr-Mir-142-P1a-v3  Xtr-Mir-142-P1a-v4  Xtr-Mir-142-P1b-v1  Xtr-Mir-142-P1b-v2  Xtr-Mir-142-P1b-v3  Xtr-Mir-142-P1b-v4 
Node of Origin (locus) Gnathostomata
Node of Origin (family) Vertebrata
Genome context
(DEVIL_add)
GL856813.1: 835381-835443 [+] UCSC Ensembl
Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-142-P1-v4)
Mir-142-P1-v4 GL856813.1: 835381-835443 [+] UCSC Ensembl
Mir-142-P1-v1 GL856813.1: 835383-835441 [+] UCSC Ensembl
Mir-142-P1-v2 GL856813.1: 835383-835441 [+] UCSC Ensembl
Mir-142-P1-v3 GL856813.1: 835383-835441 [+] UCSC Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
ACAAACACAGACAGACAGACAGUGCAGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAACAGCAAUGUAGGGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGGGCUUCGGAGACACGCCGU
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50        60 
ACAAACACAGACAGACAG--|       G   C           A         UAACAGCA 
                    ACAGUGCA UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC        \
                    UGUCAUGU AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG        A
UGCCGCACAGAGGCUUCGGG^       G   A           C         UGGGAUGU 
 120       110       100        90        80        70
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsNo
Tissue expression
 +
Bo Br He Ki Li Ly Pa Sk Sp Te
Mature sequence

Sha-Mir-142-P1-v4_5p

mirBase accessionMIMAT0022816
Sequence
0- CCCAUAAAGUAGAAAGCACUAC -22
Get sequence
Star sequence

Sha-Mir-142-P1-v4_3p*

mirBase accessionNone
Sequence
41- AGUGUUUCCUACUUUAUGGAUG -63
Get sequence