MirGeneDB ID | Sme-Mir-277-P6a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-277 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCAUUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sme-mir-277b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sme-Mir-277-P6b Sme-Mir-277-P7a Sme-Mir-277-P7b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-277 Bge-Mir-277 Bpl-Mir-277 Cbr-Mir-277-P6a Cel-Mir-277 Cgi-Mir-277 Dan-Mir-277 Dma-Mir-277 Dme-Mir-277 Dmo-Mir-277 Dpu-Mir-277 Dsi-Mir-277 Dya-Mir-277 Efe-Mir-277 Esc-Mir-277 Hme-Mir-277 Isc-Mir-277 Lgi-Mir-277 Npo-Mir-277 Obi-Mir-277 Ovu-Mir-277 Tca-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000140_dd_Smes_g4_140: 655258-655315 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-277-P6a) |
Mir-277-P7a
NNSW01000140_dd_Smes_g4_140: 654964-655022 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-277-P6a NNSW01000140_dd_Smes_g4_140: 655258-655315 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUAUUUUUUACAGAUCGGUUGUAUUGAUCUUGAUCAGAAAUGCAGCUUCAGAGAAAUCACUGUGAAAAUGCAUUAUCUGGCCAAGAAAAUGAAGCCUAAAACACAUCUAAGUAGACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUAUUUUUUACAGAUC----| G GA AU - GCUUCAGAGAA GGUU UAUU UCUUG CAGA AAUGCA A CCGA GUAA AGAAC GUCU UUACGU U ACAGAUGAAUCUACACAAAAU^ A A- CG A AAAAGUGUCAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | The mature read is shifted 3 nt 3' relative to the other paralogues resulting in a non-canonical Dicer cut. There are no 3p reads with the usual 2 nt Dicer offset. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Sme-Mir-277-P6a_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0004008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGAUCAGAAAUGCAGCUUCA -21
Get sequence
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Mature sequence | Sme-Mir-277-P6a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0004009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AUGCAUUAUCUGGCCAAGAA -58
Get sequence
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