MirGeneDB ID | Sme-Mir-36-P22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-36 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sme-mir-36b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sme-Mir-36-P20 Sme-Mir-36-P21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bge-Mir-36 Cbr-Mir-36-o22 Cgi-Mir-36 Cte-Mir-36 Dma-Mir-36 Dpu-Mir-36 Isc-Mir-36 Npo-Mir-36 Tca-Mir-36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000045_dd_Smes_g4_45: 2342053-2342111 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-36-P22) |
Let-7-P20b
NNSW01000045_dd_Smes_g4_45: 2341596-2341651 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-36-P22 NNSW01000045_dd_Smes_g4_45: 2342053-2342111 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAAAUUUUGUUUUUUAACAGUCUAACUCUGGAUUGAUGUUAUUCGGUAUGAUCUAGAAUAAAAAUUAUCACCGGGUAGACAUUAAUCAUGCAGUUAGAGUCUGUAGUCCUCAUGUUUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAAAUUUUGUUUUUUAACAG- CUG- - -| UCUAGA UCUAACU GAUUGAUGUU AUUCGGU AUGA \ AGAUUGA CUAAUUACAG UGGGCCA UAUU A UAUUUGUACUCCUGAUGUCUG CGUA A C^ AAAAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Sme-Mir-36-P22_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0012141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAUUGAUGUUAUUCGGUAUGA -21
Get sequence
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Mature sequence | Sme-Mir-36-P22_3p |
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mirBase accession | MIMAT0011242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UCACCGGGUAGACAUUAAUCAU -59
Get sequence
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