MirGeneDB ID | Tca-Mir-2-P2e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tca-mir-13a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Mir-2-P1-v1 Tca-Mir-2-P1-v2 Tca-Mir-2-P2f Tca-Mir-2-P3-v1 Tca-Mir-2-P3-v2 Tca-Mir-2-P4-v1 Tca-Mir-2-P4-v2 Tca-Mir-2-P7 Tca-Mir-2-P8 Tca-Mir-2-P10a Tca-Mir-2-P10b Tca-Mir-2-P10c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-2-P2 Bge-Mir-2-P2 Dma-Mir-2-o2 Dma-Mir-2-P2 Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
LG3: 560954-561011 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P2e) |
Mir-3842
LG3: 559294-559352 [+]
Ensembl
Mir-71 LG3: 560714-560776 [+] Ensembl Mir-2-P1-v1 LG3: 560832-560890 [+] Ensembl Mir-2-P1-v2 LG3: 560833-560889 [+] Ensembl Mir-2-P2e LG3: 560954-561011 [+] Ensembl Mir-2-P2f LG3: 561066-561124 [+] Ensembl Mir-2-P3-v2 LG3: 561198-561260 [+] Ensembl Mir-2-P3-v1 LG3: 561200-561258 [+] Ensembl Mir-2-P4-v2 LG3: 561348-561412 [+] Ensembl Mir-2-P4-v1 LG3: 561350-561410 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGAAGAGAAGAAGUUGUGGAGAUGCCCAAGUCGUCAAUUUGGUUGUGAACUCUUAAUUUAAACGAUAUCACAGCCACUUUGAUGAGCUUGGUUGUCUUUAAAGUCAUCAGUUCGACGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGAAGAGAAGAAGUUGU-- GC -| UU AC UUAAU GGAGAU CCAAG UCGUCAA UGGUUGUGA UC \ UUUCUG GGUUC AGUAGUU ACCGACACU AG U UGCAGCUUGACUACUGAAA UU G^ UC AU CAAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Tca-Mir-2-P2e_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0019103 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCGUCAAUUUGGUUGUGAACUC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tca-Mir-2-P2e_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0008359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UAUCACAGCCACUUUGAUGAGCU -58
Get sequence
|