MirGeneDB ID | Tca-Mir-9-o8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tca-mir-9c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Mir-9-o6 Tca-Mir-9-o7 Tca-Mir-9-o9-v1 Tca-Mir-9-o9-v2 Tca-Mir-9-o10-v1 Tca-Mir-9-o10-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bfl-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Ebu-Mir-9-P8 Esc-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Spu-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
LG3: 15689817-15689876 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-o8) |
Mir-3841
LG3: 15689576-15689634 [+]
Ensembl
Mir-3840 LG3: 15689698-15689754 [+] Ensembl Mir-9-o8 LG3: 15689817-15689876 [+] Ensembl Mir-2-P10a LG3: 15689938-15689994 [+] Ensembl Mir-279-o23 LG3: 15690069-15690126 [+] Ensembl Mir-3843 LG3: 15690171-15690228 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UACUUGUGAUUUUGCUAACGCGUUAUCACUUCUUUGGUGAUCUAGCCGUGUGAAUUAUUUUUGAAAUCACGCGUCUAAGUCGCCAAGAUUUGAUGAUGUGUCUAACAACUGGAGAUUUAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UACUUGUGAUUUUGCUA--| CU U UC C AUUAUU ACGCGUUAUCA UCUU GGUGA UAG CGUGUGA \ UGUGUAGUAGU AGAA CCGCU AUC GCGCACU U AAUUUAGAGGUCAACAAUC^ UU - GA U AAAGUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tca-Mir-9-o8_5p |
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mirBase accession | MIMAT0018714 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUUUGGUGAUCUAGCCGUGUGA -23
Get sequence
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Star sequence | Tca-Mir-9-o8_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0018715 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- ACGCGUCUAAGUCGCCAAGAUU -60
Get sequence
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