MirGeneDB ID | Tni-Mir-194-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tni-mir-194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-194-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-194-P2 Ami-Mir-194-P2 Bta-Mir-194-P2 Cfa-Mir-194-P2 Cpi-Mir-194-P2 Cpo-Mir-194-P2 Dno-Mir-194-P2 Dre-Mir-194-P2b Ete-Mir-194-P2 Gja-Mir-194-P2 Gmo-Mir-194-P2b Hsa-Mir-194-P2 Lch-Mir-194-P2 Loc-Mir-194-P2 Mal-Mir-194-P2b Mml-Mir-194-P2 Mmu-Mir-194-P2 Mun-Mir-194-P2 Oan-Mir-194-P2 Ocu-Mir-194-P2 Pbv-Mir-194-P2 Rno-Mir-194-P2 Sha-Mir-194-P2 Spt-Mir-194-P2 Sto-Mir-194-P2 Xtr-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
7: 7655331-7655389 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P2b) |
Mir-194-P2b
7: 7655331-7655389 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-192-P2b-v1 7: 7655511-7655571 [+] UCSC Ensembl Mir-192-P2b-v2 7: 7655512-7655570 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCGGUUCUGAGCCUUCUGGUGCGCGCUGGAUGUAACAGCAACUCCAUGUGGAAGCUGUAUGUGUGUUCCAGUGGAAGUGCUGUUACCUGCAGAGAUCCACCGGGCACAACGUGAACCCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCGGUUCUGAGCCUUCU- CGCG-| GAU AC G GCUGU GGUG CUG GUAACAGCA UCCAU UGGAA A CCAC GAC CAUUGUCGU AGGUG ACCUU U UCCCAAGUGCAACACGGG CUAGA^ GUC GA - GUGUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tni-Mir-194-P2b_5p |
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mirBase accession | MIMAT0002944 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGAA -23
Get sequence
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Star sequence | Tni-Mir-194-P2b_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CCAGUGGAAGUGCUGUUACCUG -59
Get sequence
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