MirGeneDB ID | Xla-Mir-194-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xla-mir-194-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-194-P1a Xla-Mir-194-P1b Xla-Mir-194-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-194-P2 Ami-Mir-194-P2 Bta-Mir-194-P2 Cfa-Mir-194-P2 Cpi-Mir-194-P2 Cpo-Mir-194-P2 Dno-Mir-194-P2 Ete-Mir-194-P2 Gja-Mir-194-P2 Hsa-Mir-194-P2 Lch-Mir-194-P2 Loc-Mir-194-P2 Mml-Mir-194-P2 Mmu-Mir-194-P2 Mun-Mir-194-P2 Oan-Mir-194-P2 Ocu-Mir-194-P2 Pbv-Mir-194-P2 Rno-Mir-194-P2 Sha-Mir-194-P2 Spt-Mir-194-P2 Sto-Mir-194-P2 Xtr-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030730.1: 23104037-23104095 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P2c) |
Mir-194-P2c
NC_030730.1: 23104037-23104095 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-192-P2c NC_030730.1: 23107083-23107143 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AACCUCAUGGAGACACUGAUGGUCAUCACUUGUAACAGCAACUCCAUGUGGAAGUAGAUAUAAUAUUCCGGUGGAGAUGCUGUUAUCUGUAAUGUGCAUCUUAUUCUUCAAGUGAUAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AACCUCAUGGAGACACU--| GU C UU A G GUAGA GAUG CAU AC GUAACAGCA CUCCAU UGGAA U CUAC GUA UG UAUUGUCGU GAGGUG GCCUU A UUAUAGUGAACUUCUUAUU^ GU A UC A - AUAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Xla-Mir-194-P2c_5p |
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mirBase accession | MIMAT0046508 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGAA -23
Get sequence
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Star sequence | Xla-Mir-194-P2c_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0046509 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CCGGUGGAGAUGCUGUUAUCUG -59
Get sequence
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