| MirGeneDB ID | Xla-Mir-194-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-194-P1a Xla-Mir-194-P1b Xla-Mir-194-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-194-P2 Ami-Mir-194-P2 Bta-Mir-194-P2 Cfa-Mir-194-P2 Cpi-Mir-194-P2 Cpo-Mir-194-P2 Dno-Mir-194-P2 Ete-Mir-194-P2 Gja-Mir-194-P2 Hsa-Mir-194-P2 Lch-Mir-194-P2 Loc-Mir-194-P2 Mml-Mir-194-P2 Mmu-Mir-194-P2 Mun-Mir-194-P2 Oan-Mir-194-P2 Ocu-Mir-194-P2 Pbv-Mir-194-P2 Rno-Mir-194-P2 Sha-Mir-194-P2 Spt-Mir-194-P2 Sto-Mir-194-P2 Xtr-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030731.1: 2845927-2845985 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AACCUGAUAGAGACGCUGAUGGUCAUCACUUGUAACAGCAACUCCAUGUGGAAGUAAAUGGAAUAUUCCGGUGGAGAUGCUGUUAUCUGUAAUGUGCAUCUGAUUCUUCAAGUGACGUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AACCUGAUAGAGACGCU--| GU C UU A G GUAAA GAUG CAU AC GUAACAGCA CUCCAU UGGAA U CUAC GUA UG UAUUGUCGU GAGGUG GCCUU G CUGCAGUGAACUUCUUAGU^ GU A UC A - AUAAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-194-P2d_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGAA -23
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-194-P2d_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCGGUGGAGAUGCUGUUAUCUG -59
Get sequence
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