reads

mismatches

statistic

legend

data details

standard experimental all

Reload

- size from to show

Xla-Mir-140-P2b-v1

Legend
both truncated	5' elongated	3' elongated	both elongated	5' truncated	3' truncated	canonical
both truncated mismatch	5' elongated mismatch	3' elongated mismatch	both elongated mismatch	5' truncated mismatch	3' truncated mismatch	canonical mismatch

embryo-stage-12_xla_SRR2147028

ratio mature/star: 859.0/1.0 = 859.0
ratio mature (mismatch)/star (mismatch): 55.0/0.0 = None

mature (isoform content): 6.02% (homogeneous)
star (isoform content): 0.0% (homogeneous)

Reads

+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	Reads	RPM	Other miRNA genes
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	C	A	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1	9.73	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	39	379.4	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	C	A	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1	9.73	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	334	3249.22	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	21	204.29	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	U	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	396	3852.36	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	U	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	33	321.03	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	C	A	G	U	G	G	U	U	U	U	A	C	C	C	U	A	U	G	G	U	A	G	G	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1	9.73	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
C	U	G	G	C	U	G	C	U	A	U	C	C	C	U	C	U	C	U	C	U	G	U	G	U	C	C	U	C	C	C	A	G	U	G	G	U	U	U	U	A	C	C	C	U	A	U	G	G	U	A	G	G	U	U	A	C	G	U	C	A	G	G	C	U	G	U	U	C	U	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	C	A	G	G	A	U	A	C	A	G	G	G	A	G	C	U	C	U	C	A	A	C	A	U	G	G	A	A	C	A	G

download reads

Reads

+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	Reads	RPM	Other miRNA genes
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	C	A	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1	9.73	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	39	379.4	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	C	A	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1	9.73	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	334	3249.22	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	21	204.29	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	U	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	396	3852.36	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	U	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	33	321.03	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	C	A	G	U	G	G	U	U	U	U	A	C	C	C	U	A	U	G	G	U	A	G	G	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1	9.73	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	C	U	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	43	418.31	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	A	U	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1	9.73	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	A	A	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2	19.46	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	A	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2	19.46	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	C	A	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1	9.73	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	U	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	U	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1	9.73	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	U	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	G	C	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1	9.73	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	U	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	U	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1	9.73	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	U	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	C	U	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2	19.46	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	U	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	A	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1	9.73	Xla-Mir-140-P2a-v1, Xla-Mir-140-P2a-v2, ...
C	U	G	G	C	U	G	C	U	A	U	C	C	C	U	C	U	C	U	C	U	G	U	G	U	C	C	U	C	C	C	A	G	U	G	G	U	U	U	U	A	C	C	C	U	A	U	G	G	U	A	G	G	U	U	A	C	G	U	C	A	G	G	C	U	G	U	U	C	U	A	C	C	A	C	A	G	G	G	U	A	G	A	A	C	C	A	C	G	G	A	C	A	G	G	A	U	A	C	A	G	G	G	A	G	C	U	C	U	C	A	A	C	A	U	G	G	A	A	C	A	G

download reads

References
Tissue	Paper	Accesion
egg_xla_SRR2147026	SRR2147026	https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26506012/
embryo-stage-7-8_xla_SRR2147027	SRR2147027	https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26506012/
embryo-stage-12_xla_SRR2147028	SRR2147028	https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26506012/
stage-34-36_xla_SRR2147030	SRR2147030	https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26506012/
stage-56_xla_SRR2147031	SRR2147031	https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26506012/
kidney_xla_SRR5753209	SRR5753209	https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30375416/
heart_xla_SRR9989206	SRR9989206	https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33663371/