MirGeneDB ID | Eca-Novel-6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | ECA-NOVEL-6 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCAGACG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. caballus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | E. caballus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009159.1: 28760007-28760071 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-6) |
Mir-192-P4
CM009159.1: 28723073-28723136 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-194-P4 CM009159.1: 28723280-28723337 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGAGUGGGUCCUCGCGCCUACUGCUGGUCUCCAGACGGUGCGGGCUCUCCGGAUUUUUAUUUGCCAGCAUCCUGGAGCCACGCCCUCUUGGAGAUCGGCUUUCAGGCCUGCCUCCCUGCAGAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGAGUGGGUCCUCGCG- ACU- -| C U - CC UUUUUAU CCU GCUGGUCUCC AGA GG GCG GGCUCU GGA U GGA CGGCUAGAGG UCU CC CGC CCGAGG CCU U GGAGACGUCCCUCCGUCC CUUU U^ - - A U- ACGACCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Novel-6_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCCAGACGGUGCGGGCUCUCCGGA -24
Get sequence
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Star sequence | Eca-Novel-6_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CUGGAGCCACGCCCUCUUGGAGA -65
Get sequence
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