MirGeneDB ID | Gga-Mir-1553 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1553 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGGUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-1553 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | G. gallus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | G. gallus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
7: 23744593-23744649 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCAGGAGGACCAGUUGGCAGCUCUCACACAGUCCUGUCCUGUCUACCUACUGUCUGUCCUGUCCUGUGGUGGGAGGACAGUGAUGUGGGAGAGGGCCACUUUCAGCUUUGCUCUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCCAGGAGGACCAGUUG---| AG A G - G U UGUCUGU GC CUCUC CACA UC CUGUCCU UCUACC AC \ CG GAGAG GUGU AG GACAGGA GGGUGG UG C UUUCUCGUUUCGACUUUCAC^ G- G - U - - UCCUGUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gga-Mir-1553_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0007409 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUCCUGUCCUGUCUACCUACUGU -24
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-1553-5p miRDB: MIMAT0007409 |
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Mature sequence | Gga-Mir-1553_3p |
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mirBase accession | MIMAT0007410 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGUGGUGGGAGGACAGUGAUGU -57
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-1553-3p miRDB: MIMAT0007410 |