MirGeneDB ID | Isc-Mir-5308 |
Family name |
MIR-5308 (all species) |
Seed |
CUGUGCU |
Species |
Deer tick (Ixodes scapularis) |
MiRBase ID |
isc-mir-5308
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Paralogues |
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Orthologues |
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Node of Origin (locus) |
I. scapularis
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Node of Origin (family) |
I. scapularis
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Genome context (GCF_016920785.2_ASM1692078v2_ISC) |
NW_024609835.1: 64049689-64049747 [+]
Ensembl
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGGAACUACGCAAUUGCACCAAAACCCUCUCUGUGCUGUGGAGGUAAUAUAUAGCUGUCAACAUAUAUACGUCCAAAGCACUGAGGGGGUUUUACUCACUCAUCAUCGAGCGAUCGCA
Get precursor sequence
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Structure | 10 20 30 40 50
CAGGAACUACGCAAUUGCACC----| U G G A AGCU
AAAACCCUCUC GUGCU UGGA GUA UAUAU G
UUUUGGGGGAG CACGA ACCU CAU AUAUA U
ACGCUAGCGAGCUACUACUCACUCA^ U A G - CAAC
110 100 90 80 70 60 |
Deep sequencing |
Go to detailed chart
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3' NTU |
No
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Motifs | CNNC at 3p(+17) |
Tissue expression
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Em |
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Sa |
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To |
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Mature sequence |
Isc-Mir-5308_5p |
mirBase accession | MIMAT0021378 |
Sequence |
0- UCUGUGCUGUGGAGGUAAUAUAU -23
Get sequence
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Co-mature sequence |
Isc-Mir-5308_3p |
mirBase accession | None |
Sequence |
36- UAUACGUCCAAAGCACUGAGGGG -59
Get sequence
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