MirGeneDB 3.0

MirGeneDB ID

Isc-Mir-5308

Family name MIR-5308 (all species)
Seed CUGUGCU
Species Deer tick (Ixodes scapularis)
MiRBase ID isc-mir-5308
Paralogues
Orthologues
Node of Origin (locus) I. scapularis
Node of Origin (family) I. scapularis
Genome context
(GCF_016920785.2_ASM1692078v2_ISC)
NW_024609835.1: 64049689-64049747 [+] Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
CAGGAACUACGCAAUUGCACCAAAACCCUCUCUGUGCUGUGGAGGUAAUAUAUAGCUGUCAACAUAUAUACGUCCAAAGCACUGAGGGGGUUUUACUCACUCAUCAUCGAGCGAUCGCA
Get precursor sequence
Structure
        10        20            30        40        50        
CAGGAACUACGCAAUUGCACC----|          U     G    G   A     AGCU 
                         AAAACCCUCUC GUGCU UGGA GUA UAUAU    G
                         UUUUGGGGGAG CACGA ACCU CAU AUAUA    U
ACGCUAGCGAGCUACUACUCACUCA^          U     A    G   -     CAAC 
       110       100        90        80        70         60
Deep sequencing
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3' NTU No
MotifsCNNC at 3p(+17)
Tissue expression
 +
Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Sa Sa To
Mature sequence

Isc-Mir-5308_5p

mirBase accessionMIMAT0021378
Sequence
0- UCUGUGCUGUGGAGGUAAUAUAU -23
Get sequence
Co-mature sequence

Isc-Mir-5308_3p

mirBase accessionNone
Sequence
36- UAUACGUCCAAAGCACUGAGGGG -59
Get sequence