| MirGeneDB ID | Isc-Mir-5315 |
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| Family name |
MIR-5315 (all species) |
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| Seed |
ACACAAC |
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| Species |
Deer tick (Ixodes scapularis) |
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| MiRBase ID |
isc-mir-5315
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| Paralogues |
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| Orthologues |
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| Node of Origin (locus) |
I. scapularis
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| Node of Origin (family) |
I. scapularis
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Genome context
(GCF_016920785.2_ASM1692078v2_ISC) |
NW_024609882.1: 31125367-31125425 [+]
Ensembl
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Precursor
(pre-Mir +30nt flank) |
GAACGACACGGGAACUCGGGUGCGAGGGCGAACACAACAUCCGGACAAGCACGUGCGCGUUUCAUGUUCUUGCCCCGAAGUUGUCUCCGCCUUCAAACCCCGCAAGCUACGUGGACGGA
Get precursor sequence
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| Structure | 10 20 30 40 50
GAACGACACGGGAACUC--| GC AAC A C A C GUGCGC
GGGU GAGGGCG ACAAC UC GG CAAG AC \
CCCA CUUCCGC UGUUG AG CC GUUC UG G
AGGCAGGUGCAUCGAACGC^ AA CUC A C C U UACUUU
110 100 90 80 70 60 |
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| Deep sequencing |
Go to detailed chart
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| 3' NTU |
No
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| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop |
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Tissue expression
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Sa |
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To |
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| Mature sequence |
Isc-Mir-5315_5p |
| mirBase accession | MIMAT0021386 |
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| Sequence |
0- AACACAACAUCCGGACAAGCAC -22
Get sequence
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| Star sequence |
Isc-Mir-5315_3p* |
| mirBase accession | None |
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| Sequence |
37- UCUUGCCCCGAAGUUGUCUCCG -59
Get sequence
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