MirGeneDB 3.0

MirGeneDB ID

Isc-Novel-1

Family name ISC-NOVEL-1 (all species)
Seed GUGGUCA
Species Deer tick (Ixodes scapularis)
MiRBase ID
Paralogues
Orthologues
Node of Origin (locus) I. scapularis
Node of Origin (family) I. scapularis
Genome context
(GCF_016920785.2_ASM1692078v2_ISC)
NW_024609884.1: 14998415-14998476 [-] Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
UCGAAUUCCCAAGAACACCUCCCUACUGCAGGUGAGAGGACAUAGCCAGUGCUGUUAUUUUCGAUUGGCAGUGGUCAUGUCUUCGCACUGGACGGUGGUGAAGGACUUGCUACGGUACUCCA
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30         40        50          
UCGAAUUCCCAAGAACA-  -  C      CA-|   A        AG   G   UGUUAUU 
                  CC UC CUACUG   GGUG GAGGACAU  CCA UGC       \
                  GG AG GGUGGC   UCAC CUUCUGUA  GGU ACG       U
ACCUCAUGGCAUCGUUCA  A  U      AGG^   G        CU   G   GUUAGCU 
120       110       100        90        80        70
Deep sequencing
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3' NTU Unknown
MotifsCNNC at 3p(+17), UGUG in loop
Tissue expression
 +
Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Sa Sa To
Star sequence

Isc-Novel-1_5p*

mirBase accessionNone
Sequence
0- GGUGAGAGGACAUAGCCAGUGC -22
Get sequence
Mature sequence

Isc-Novel-1_3p

mirBase accessionNone
Sequence
39- AGUGGUCAUGUCUUCGCACUGGA -62
Get sequence