MirGeneDB ID | Mmu-Mir-3109 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3109 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGGAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-3109 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr9: 69456958-69457017 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCGUCAUCUGGCUCUCUGCCUGCUCCUGUAAAUGGAUGCGAUGGUUCCCAUGCUGUUCUGAGGCAGAGCUAGGGCCAUCUCAUCCAGAUACUGUGGAGAUGGUACAAGGCGCUUAGCACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCGUCAUCUGGCUCUCUG UG U--| AA C UU AU UGUUCU CC CUCC GUA UGGAUG GAUGG CCC GC G GG GAGG CAU ACCUAC CUACC GGG CG A ACACGAUUCGCGGAACAU UA UGU^ AG U -- AU AGACGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-3109_5p |
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mirBase accession | MIMAT0014949 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUGGAUGCGAUGGUUCCCAUGC -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-3109-5p miRDB: MIMAT0014949 |
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Star sequence | Mmu-Mir-3109_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0014950 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UAGGGCCAUCUCAUCCAGAUA -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-3109-3p miRDB: MIMAT0014950 |