| MirGeneDB ID | Aca-Mir-5417 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-5417 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAUCCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-5417 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
GL343364.1: 1077044-1077099 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-5417) |
Mir-1306
GL343364.1: 1070720-1070780 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-5417 GL343364.1: 1077044-1077099 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGGAGACGCAGCUUCUGGCCGGGACUGAGGAGAGAAGGCGUGGGAAGGAGCGGGCUCCGGCGCUCAUCCCAGCCCCUUUUCUCCCCUGGACUGGCUGCCACGAGCGAGGAGAAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGGGAGACGCAGCUUCU-- GACUGA C -| AG GGGC GGCCGG GGAGAGAAGG G UGGGA GAGC U UCGGUC CCUCUUUUCC C ACCCU CUCG C GAAAGAGGAGCGAGCACCG AGGUCC C G^ A- CGGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Aca-Mir-5417_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAGAGAAGGCGUGGGAAGGAGC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Aca-Mir-5417_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0022037 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UCAUCCCAGCCCCUUUUCUCCC -56
Get sequence
|
