| MirGeneDB ID | Aca-Mir-5436 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-5436 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCUCGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-5436 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
4: 151844946-151845004 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-5436) |
Mir-1-P3
4: 151823211-151823271 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-5436 4: 151844946-151845004 [+] UCSC Ensembl Mir-133-P3-v1 4: 151864300-151864359 [+] UCSC Ensembl Mir-133-P3-v2 4: 151864300-151864359 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGACCCCCUGUCGUAUUGCUGGCCUCAAGCAGCUCGCUGGCAGAGACUUUCUGGUGAAGUCAGACAGCAAGUCUUUGCCAGGGAGCUGCUUGUGGUCAGUGAUGCAAUGGUGGCAGCCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGACCCCCUGUCGUAUU--| U G U GGUGAA GCUGGCC CAAGCAGCUC CUGGCAGAGACUU CU \ UGACUGG GUUCGUCGAG GACCGUUUCUGAA GA G CCCGACGGUGGUAACGUAG^ U G C CAGACU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aca-Mir-5436_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0022057 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUCGCUGGCAGAGACUUUCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Aca-Mir-5436_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0022058 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAAGUCUUUGCCAGGGAGCUGC -59
Get sequence
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