MirGeneDB ID | Bta-Mir-2382 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2382 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGGGAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-2382 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | B. taurus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | B. taurus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037352.1: 1742949-1743007 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2382) |
Mir-1842-v1
NC_037352.1: 1742695-1742755 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-1842-v2 NC_037352.1: 1742695-1742754 [-] UCSC Ensembl Mir-2382 NC_037352.1: 1742949-1743007 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUUGAGGAUGGGCCACUGGCUGCACUUGUAGGGGAGUGCCUGGGAAGCUGUUCCUUUUGGCCGACUACUUCCUGGUGCCUCGCCCCACACCCAGCAGCUUCUGCUCAGAGCCCACAGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUUUGAGGAUGGGCCACU- ACU- A -| U - UG CU CCUU GGCUGC UGU GGG GAG GC C GGAAG GUU U UCGACG ACA CCC CUC CG G CCUUC CAG U UGACACCCGAGACUCGUCU ACCC C G^ - U GU AU CCGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bta-Mir-2382_5p |
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mirBase accession | MIMAT0011930 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGGGAGUGCCUGGGAAGCUGUU -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-2382-5p |
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Star sequence | Bta-Mir-2382_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0011931 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UACUUCCUGGUGCCUCGCCCCAC -59
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-2382-3p |