MirGeneDB ID | Cel-Mir-1821 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1821 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-1821 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrV: 3042552-3042613 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1821) |
Mir-792
chrV: 3042105-3042166 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-1821 chrV: 3042552-3042613 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUCACUAUAAUAUGUAGUUGGUACAAGUUUGCCCAACUUGCAGACUUUUCAAUUUUCGGCAAGUGGAAUUGAGGUCUUAUAGUUAGGUAGACAUUUACUACAACUAAUAUAUAUUUUUUGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUCACUAUAAUAUGUA---| U CAA C UGC UU UUUCGG GU GGUA GUUUGCC AACU AGACU UCAAU C CA UCAU CAGAUGG UUGA UCUGG AGUUA A AGUUUUUUAUAUAUAAUCAA^ - UUA A UAU -- AGGUGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cel-Mir-1821_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0032034 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCCCAACUUGCAGACUUUUCAAU -24
Get sequence
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Mature sequence | Cel-Mir-1821_3p |
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mirBase accession | MIMAT0006588 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UGAGGUCUUAUAGUUAGGUAGA -62
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0006588 TargetScanWorm: cel-miR-1821 |