MirGeneDB ID | Cel-Mir-253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-253 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAGUAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cbr-Mir-253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrV: 5780532-5780596 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUUUAUUUAGAAUUGUUCCGAUCGCCGCUCUUUUCACACACCUCACUAACACUGACCACCGAUGCAUAGAUGUUAGUAGGCGUUGUGGGAAGGGCGGCGACAGUGAACGUCGUUUCUCAUUAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UAUUUAUUUAGAAUUGUUCCGA-- UU -| A C CUGACCACC UCGCCGCUCUU CAC AC CCU ACUAACA \ AGCGGCGGGAA GUG UG GGA UGAUUGU G AUAUUACUCUUUGCUGCAAGUGAC GG U^ C - AGAUACGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cel-Mir-253_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0000309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUUUUCACACACCUCACUAACA -22
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000309 |
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Mature sequence | Cel-Mir-253_3p |
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mirBase accession | MIMAT0004215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- UUAGUAGGCGUUGUGGGAAGGG -65
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004215 TargetScanWorm: cel-miR-253 |