MirGeneDB ID | Cin-Mir-4015-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4015 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAUAGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cin-mir-4015-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cin-Mir-4015-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ci3) |
HT000065.1: 63426-63477 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4015-P1) |
Mir-4015-P1
HT000065.1: 63426-63477 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-4015-P2 HT000065.1: 63426-63477 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUUGAUCUCAUAUUUUGGUCUGUUACGUCACAAUGAAAUUAACCUUCUCUGUGACGUCAGGAUAGGUUGAAUUCAUCGUGGUGUAGCUGACUUCUAUCUACGAGACGAAAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUUGAUCUCAUAUUUU--| U GU A A UC GUG GGUC GUUAC CAC AUGAA UUAACCU UCU A UCAG CGAUG GUG UACUU AGUUGGA GGA C UAAAGCAGAGCAUCUAUCU^ U UG C A UA CUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cin-Mir-4015-P1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0016520 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACAAUGAAAUUAACCUUCUCU -21
Get sequence
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Mature sequence | Cin-Mir-4015-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0016521 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
30- GGAUAGGUUGAAUUCAUCGUGG -52
Get sequence
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