MirGeneDB ID | Cin-Mir-4047 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4047 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cin-mir-4047 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ci3) |
1: 4157238-4157294 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4047) |
Mir-4047
1: 4157238-4157294 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-4065 1: 4176956-4177027 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCGCAUGUAUCACACAGAUGAACACGCAUCCAGACACUCAGAAACACGAUUUGUCGACACAAUUGUGUAUCUGAGUGUUUCUCUGUGUGAUUCACCGAAAGCAACGAUCGCUAAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCCGCAUGUAUCACACAGA--- -| UCC A UGUC UGAA CACGCA AGACACUCAGA ACACGAUU \ ACUU GUGUGU UUUGUGAGUCU UGUGUUAA G CAAAUCGCUAGCAACGAAAGCC A^ CUC A CACA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cin-Mir-4047_5p |
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mirBase accession | MIMAT0016583 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCAGACACUCAGAAACACGAUU -22
Get sequence
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Star sequence | Cin-Mir-4047_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0016584 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
33- UUGUGUAUCUGAGUGUUUCUCUGU -57
Get sequence
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