MirGeneDB ID | Cin-Mir-4054 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4054 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGAUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cin-mir-4054 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ci3) |
10: 3226199-3226256 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4054) |
Mir-4054
10: 3226199-3226256 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-34 10: 3230582-3230671 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAGUGAUUGACAACUUACCGUUUGACGGCUAUGAUUGAUGUUUAAUGGCUCUUAACAAAAACGUAGAGCUUUUGACCAUCUUUCUGCCAUCGCCCUGGUACUUUCAACAAGUAGAAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCAGUGAUUGACAACUU- UU-| C UAU UU U U UAACA ACCG UGA GGC GA GAUG UUAA GGCUCU A UGGU GCU CCG CU CUAC AGUU UCGAGA A UAAGAUGAACAACUUUCA CCC^ A U-- UU C U UGCAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cin-Mir-4054_5p |
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mirBase accession | MIMAT0016597 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUGAUUGAUGUUUAAUGGCUCU -23
Get sequence
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Star sequence | Cin-Mir-4054_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0016598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AGCUUUUGACCAUCUUUCUGC -58
Get sequence
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