MirGeneDB ID | Cin-Mir-4055 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4055 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUUCGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cin-mir-4055 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ci3) |
7: 633871-633928 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4055) |
Mir-4055
7: 633871-633928 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-4079 7: 634173-634224 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUAACGUAUAAGUUCUACAAGCGCCUGCGUAUUCGGAAAUGUAGGGUGGACGUUAUCAUAAUUCGACCAUUCUGUGUUUCGAAUGCGUAAGUGCUGUGUACUCACGUCUGUCUCCAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUUAACGUAUAAGUUCU- -| C G UG A UUAUC ACA AGCGC UGCGUAUUCG AAA UAGGGUGG CG \ UGU UCGUG AUGCGUAAGC UUU GUCUUACC GC A GACCUCUGUCUGCACUCA G^ A - GU A UUAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cin-Mir-4055_5p |
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mirBase accession | MIMAT0016599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUUCGGAAAUGUAGGGUGGACG -23
Get sequence
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Star sequence | Cin-Mir-4055_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0016600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- ACCAUUCUGUGUUUCGAAUGCG -58
Get sequence
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