MirGeneDB ID | Cin-Mir-4060 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4060 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUUCACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cin-mir-4060 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ci3) |
HT000174.1: 91188-91245 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4060) |
Mir-4078
HT000174.1: 91084-91136 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-4060 HT000174.1: 91188-91245 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUGGUUCAUAUUUUAUUCGUUGCGCUGCGAUUUCACUCUUUCAACUGUUGGUCGAAAUAUAUCCAGCCGUUGUUGCAGUGAAGUGAUCAGCGUAAUGCGCUACGUCAUCAAAACUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGUGGUUCAUAUUUUAUU-- CG-| CUUU U UCGAA CGUUGCGCUG AUUUCACU CAAC GUUGG \ GUAAUGCGAC UGAAGUGA GUUG CGACC A CGUCAAAACUACUGCAUCGC UAG^ CGUU C UAUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cin-Mir-4060_5p |
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mirBase accession | MIMAT0016608 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUUUCACUCUUUCAACUGUUGG -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Cin-Mir-4060_3p |
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mirBase accession | MIMAT0016609 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AGCCGUUGUUGCAGUGAAGUGAU -58
Get sequence
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