MirGeneDB ID | Cin-Mir-4063 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4063 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACACCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cin-mir-4063 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ci3) |
13: 1256492-1256550 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4063) |
Mir-4063
13: 1256492-1256550 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-4048 13: 1257512-1257570 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGUUAAGGAGAAAAUUGCUUUGUUUGUUUAACACCUUAAUCACCAAUGUGAUUGUGAUAACAGCAAACGCAUUGGAUUAAGGUGGACAAUAAACCAAGCAUUAUCAACUCUCCUUUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAGUUAAGGAGAAAAUU--| U UAA CA A GAU GCUU GUUUGUU CACCUUAAU CCAAUGUG UUGU \ CGAA CAAAUAA GUGGAAUUA GGUUACGC AACG A UAUUUCCUCUCAACUAUUA^ C CAG -- A ACA 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cin-Mir-4063_5p |
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mirBase accession | MIMAT0016614 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACACCUUAAUCACCAAUGUGAUUGU -26
Get sequence
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Star sequence | Cin-Mir-4063_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0016615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AACGCAUUGGAUUAAGGUGGACA -59
Get sequence
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