MirGeneDB ID | Nve-Mir-2032-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2032 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGCUGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Starlet sea anemone (Nematostella vectensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | nve-mir-2032a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Nve-Mir-2032-P2a Nve-Mir-2032-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | N. vectensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | N. vectensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000209225.1_ASM20922v1_NVE) |
NW_001834253.1: 473305-473355 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2032-P1) |
Mir-2032-P2b
NW_001834253.1: 427071-427121 [-]
Ensembl
Mir-2032-P2a NW_001834253.1: 447174-447224 [-] Ensembl Mir-2032-P1 NW_001834253.1: 473305-473355 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCGAAGAGGAUCGCGAGCUCACCGUUGCUGUCGCUGCGACAGUUAGCUAGCAUUUAUUGCGAGGUAACUGUUGCAGCAUCCAUGACUGUGAGGUCAGUAUUUCAGCAUCUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCGAAGAGGAUCGCGAG--| C C UC- G A UU CUCAC GUUG UG GCUGCGACAGUUA CU GCA \ GAGUG CAGU AC CGACGUUGUCAAU GA CGU U AUCUACGACUUUAUGACUG^ U - CUA G G UA . 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Nve-Mir-2032-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009784 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCGCUGCGACAGUUAGCUAGCA -22
Get sequence
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Star sequence | Nve-Mir-2032-P1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0009785 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
29- CGAGGUAACUGUUGCAGCAUCC -51
Get sequence
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