MirGeneDB ID | Nve-Mir-2043-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2043 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUAUCGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Starlet sea anemone (Nematostella vectensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | nve-mir-2043-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Nve-Mir-2043-P1 Nve-Mir-2043-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | N. vectensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | N. vectensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000209225.1_ASM20922v1_NVE) |
NW_001834400.1: 1324956-1325006 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2043-P2a) |
Mir-2043-P1
NW_001834400.1: 1321803-1321853 [+]
Ensembl
Mir-2043-P2a NW_001834400.1: 1324956-1325006 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAAGAGACCGUAUCUGAUAUCGAAUCUCUUAUAUCGCCUUUUGAGGUUAUUUUCUUAAUACCCUCAAAAGACGGUAUUAGAGAUUACACAGCUGGACAAUCGUUGCUUGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCAAGAGACCGUAUCUGAUAUCG--| U C U UU AAUCUCU AUAUCG CUUUUGAGG UAUU \ UUAGAGA UAUGGC GAAAACUCC AUAA C AGUUCGUUGCUAACAGGUCGACACA^ U A C UU . 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Nve-Mir-2043-P2a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009810 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUAUCGCCUUUUGAGGUUAUU -22
Get sequence
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Star sequence | Nve-Mir-2043-P2a_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0009811 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
29- UACCCUCAAAAGACGGUAUUAG -51
Get sequence
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