MirGeneDB ID | Ocu-Novel-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | OCU-NOVEL-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGAUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | O. cuniculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | O. cuniculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0033: 388968-389026 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-1) |
Mir-105-P1
chrUn0033: 388180-388238 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-105-P2 chrUn0033: 390331-390389 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUCUCAGGAUGUCUGGGUGUACAUCAUGGUGAAAUGCUCAAACAUCAGUGGUAGUUGUUCAUGCACCAUGAUUGUCUGAGCAUAUGCCAUGAUAUCCCCUCUAGCAUCACUGUCAUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUCUCAGGAUGUCUGGGUGUAC--| GAA A UCA AGUUG AUCAUGGU AUGCUCA ACA GUGGU U UAGUACCG UACGAGU UGU UACCA U UAUACUGUCACUACGAUCUCCCCUA^ UA- C UAG CGUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | This is offset from mir-767 which is not accepted but this appears to be a bona fide miRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ocu-Novel-1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAAAUGCUCAAACAUCAGUGGU -23
Get sequence
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Mature sequence | Ocu-Novel-1_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAUGAUUGUCUGAGCAUAUGCC -59
Get sequence
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